| Bacillus kaustophilus | 【医】 嗜热芽胞杆菌 |
| Bacillus lacticus | 【医】 嗜酸乳杆菌 |
| Bacillus lactimorbus | 【医】 乳病杆菌 |
| Bacillus lactis | 【医】 乳杆菌 |
| Bacillus lactis aerogenes | 【医】 产气乳杆菌, 产气气杆菌 |
| Bacillus lactis albus | 【医】 白色乳杆菌 |
| Bacillus lactis brevis | 【医】 短乳杆菌 |
| Bacillus lactis cyanogenes | 【医】 产蓝乳杆菌, 产蓝假单胞菌 |
| Bacillus lactis erythrogenes | 【医】 红乳杆菌, 产红乳杆菌 |
| Bacillus lactis innocuus | 【医】 无害乳杆菌 |
| Bacillus lactis pituitosi | 【医】 粘液乳杆菌 |
| Bacillus lactis saponacei | 【医】 皂化性乳杆菌 |
| Bacillus lactis viscosus | 【医】 粘性乳杆菌, 粘性产硷杆菌 |
| Bacillus lacunatus | 【医】 结膜炎[嗜血]杆菌 |
| Bacillus larvae | 【医】 幼虫芽胞杆菌, 短芽胞杆菌 |
| Bacillus leichmannii I | 【医】 莱希曼氏乳杆菌 |
| Bacillus lentimorbus | 【医】 缓死芽胞杆菌 |
| Bacillus lepisepticus | 【医】 兔败血杆菌 |
| Bacillus leprae | 【医】 麻风[分支]杆菌 |
| Bacillus leptosporus | 【医】 细芽胞杆菌 |
| Bacillus letalis | 【医】 致死杆菌 |
| Bacillus levans | 【医】 阴沟杆菌, 阴沟气杆菌 |
| Bacillus licheniformis | 【医】 地衣型芽胞杆菌 |
| Bacillus lignieresi | 【医】 利尼耶尔[放线]杆菌 |
| Bacillus limbatus acidi lactici | 【医】 乳酸轮廓杆菌 |
| Bacillus liodermos | 【医】 泽膜杆菌 |
| Bacillus liquefaciens bovis | 【医】 牛液化杆菌 |
| Bacillus liquefaciens communis | 【医】 普通液化杆菌 |
| Bacillus liquefaciens lactis amari | 【医】 苦乳液化杆菌 |
| Bacillus liquidus | 【医】 水无色杆菌, 液化无色[杆]菌 |
| Bacillus lobatus | 【医】 叶状芽胞杆菌 |
| Bacillus losantitichii | 【医】 落山尼区芽胞杆菌 |
| Bacillus lucens | 【医】 光辉杆菌 |
| Bacillus luteus | 【医】 卵黄色杆菌 |
| Bacillus luteus suis | 【医】 猪卵黄色杆菌 |
| Bacillus macerans | 【医】 软化芽胞杆菌 |
| Bacillus maidis | 【医】 蜀黍疹杆菌 |
| Bacillus mallei | 【医】 鼻疽杆菌 |
| Bacillus maningitidis purulentae | 【医】 肺炎杆菌, 肺炎克雷白氏杆菌 |
| Bacillus megatherium | 【医】 巨大芽胞杆菌 |
| Bacillus melaninogenicus | 【医】 黑色素原杆菌, 产黑色素嗜血杆菌 |
| Bacillus melanosporus | 【医】 黑芽胞杆菌 |
| Bacillus membranaceus amethystinus | 【医】 紫水晶膜杆菌 |
| Bacillus meningitidis cerebrospinalis septicaemiae | 【医】 败血性脑脊膜炎杆菌 |
| Bacillus mesentericus | 【医】 马铃薯杆菌 |
| Bacillus mesentericus fuscus | 【医】 褐色马铃薯杆菌 |
| Bacillus mesentericus vulgatus | 【医】 马铃薯杆菌 |
| Bacillus michaelisii | 【医】 迈克利斯氏芽胞杆菌 |
| Bacillus minutissimus sputi | 【医】 痰纤小杆菌 |
| Bacillus mirabilis | 【医】 异菌, 奇异变形杆菌 |
| Bacillus mitis | 【医】 和缓杆菌 |
| Bacillus mollusci | 【医】 软疣杆菌 |
| Bacillus morbificans bovis | 【医】 牛病杆菌, 牛病沙门氏菌 |
| Bacillus mucosus capsulatus | 【医】 肺炎杆菌, 肺炎克雷白氏杆菌 |
| Bacillus mucosus ozaenae | 【医】 臭鼻[粘液]杆菌, 臭鼻克雷白氏杆菌 |
| Bacillus multifermentans | 【医】 多酶杆菌 |
| Bacillus multipediculus | 【医】 薯虫样杆菌 |
| Bacillus murisepticus | 【医】 鼠败血杆菌 |
| Bacillus murisepticus pleomorphus | 【医】 多形鼠败血杆菌 |
| Bacillus muscoides | 【医】 藓状杆菌 |
| Bacillus mycoides | 【医】 蕈状杆菌, 分支杆菌 |
| Bacillus mycoides roseus | 【医】 蔷薇色蕈状杆菌, 红色蕈状杆菌 |
| Bacillus mycoides ruber | 【医】 赤色蕈状杆菌 |
| Bacillus neapolitanus | 【医】 意南大肠杆菌(普通大肠杆菌) |
| Bacillus necrophorus | 【医】 坏死杆菌, 坏死放线菌 |
| Bacillus nitrificans | 【医】 硝化菌 |
| Bacillus nitrosomonas | 【医】 亚硝化单胞菌 |
| Bacillus nodosus parvus | 【医】 小结节状杆菌 |
| Bacillus nubilus | 【医】 雾状杆菌 |
| Bacillus ochraceus | 【医】 赭色杆菌 |
| Bacillus oedematiens | 【医】 恶性水肿杆菌, 诺维氏[梭状芽胞]杆菌 |
| Bacillus ovatus minutissimus | 【医】 纤细卵性杆菌 |
| Bacillus ovatus parvus | 【医】 小卵性杆菌 |
| Bacillus ovisepticus | 【医】 羊败血杆菌 |
| Bacillus ovitoxicus | 【医】 D型产气荚膜[梭状芽胞]杆菌, 魏氏D型梭状芽胞杆菌 |
| Bacillus ozaenae | 【医】 臭鼻[克雷白氏]杆菌 |
| Bacillus ozogenes | 【医】 产臭杆菌, 恶臭埃希氏杆菌 |
| Bacillus paludis | 【医】 C型产气荚膜[梭状芽胞]杆菌, 魏氏C型梭状芽胞杆菌 |
| Bacillus pandora | 【医】 变形芽胞杆菌(为多粘芽胞杆菌之一变种) |
| Bacillus panis | 【医】 面包杆菌 |
| Bacillus pantotrophus | 【医】 泛养杆菌, 全养氢丛毛杆菌 |
| Bacillus paraalvei | 【医】 副蜂房杆菌 |
| Bacillus parabotulinus | 【医】 副肉毒杆菌 |
| Bacillus paradysenteriae | 【医】 副痢疾[志贺氏]杆菌 |
| Bacillus paradysenteriae x | 【医】 副痢疾杆菌X, 不定志贺氏杆菌 |
| Bacillus parasarcophysematos | 【医】 副气肿疽杆菌, 副鸣疽杆菌, 腐败弧菌 |
| Bacillus paratuberculosis | 【医】 副结核[分支]杆菌 |
| Bacillus paratyphi abortus | 【医】 流产副伤寒杆菌, 羊流产沙门氏菌 |
| Bacillus paratyphosus | 【医】 副伤寒杆菌, 副伤寒沙门氏菌 |
| Bacillus paratyphosus A | 【医】 甲型副伤寒杆菌, 甲型副伤寒沙门氏菌 |
| Bacillus paratyphosus B | 【医】 乙型副伤寒杆菌 |
| Bacillus paratyphosus C | 【医】 丙型副伤寒杆菌 |
| Bacillus pasteurii | 【医】 巴斯德氏芽胞杆菌 |
| Bacillus pastorianus | 【医】 巴斯德氏乳杆菌 |
| Bacillus peptofaciens | 【医】 产胨杆菌 |
| Bacillus perfringens | 【医】 产气荚膜[梭状芽胞]杆菌 |
| Bacillus pertussis | 【医】 百日咳[嗜血]杆菌 |
| Bacillus pestifer | 【医】 运动型无色[杆]菌 |
| Bacillus pestis | 【医】 鼠疫杆菌 |
| Bacillus pestis bubonicae | 【医】 鼠疫杆菌 |